Schwenkfeld ist, wenn auch zweifellos umstritten, ein Mann Gottes mit einer ungewöhnlichen, jedoch biblisch richtigen Sicht von der umfassenden Kirche Jesu Christi. Er entfaltet in einer Zeit erbitterter Religionskriege, in der wegen oftmals geringfügiger Lehrunterschiede gnadenlos gestritten wurde und auf äußerst unchristliche Weise  viel Blut floss, die Sicht von dem einen Leib Jesu über alle Konfessionsgrenzen und Lehrunterschiede hinweg, bestehend aus allen wahrhaft Glaubenden.

Scharf wendet er sich gegen die Zerstörung der Einheit aufgrund von nicht heilsentscheidenden lehrmäßigen  Unterschieden und gegen die Überbetonung von Wahrheiten, selbst wenn sie biblisch begründbar wären. Nicht durch Diskussion, Streitgespräche und Rechthaberei, auch nicht durch das Aufrichten und Zementieren denominationeller Grenzen wird das Reich Gottes gebaut, sondern dadurch, dass der Heilige Geist Raum bekommt und man in Liebe und gegenseitigem  Respekt sich dem  auferstandenen Herrn anvertraut.

Gemäß dem biblischen Grundsatz: „Der Buchstabe tötet, der Geist macht lebendig“, geht es ihm nicht um äußere Organisationsformen, formale Lehre oder um den unter allen Umständen richtigen Vollzug der Sakramente. Er legt Wert auf den richtigen inneren Gehalt, auf die in den unterschiedlichen Ausdrucksformen enthaltene biblische Wahrheit.

Streng geht er mit selbsternannten Wahrheitsfanatikern ins Gericht, weil sie durch ihre Unduldsamkeit das Werk Gottes eher zerstören als fördern. Allerdings bedeutet dies nicht die Preisgabe biblischer Wahrheiten.

Sehr klar sieht er die von Christus und dem Heiligen Geist angestrebte Einheit des Reiches Gottes, die jedoch nicht durch Verhandlungen von Denominationsfunktionären und Kirchenpolitik im Sinne einer von Menschen gemachten Ökumene zustande kommt. Schwenkfeld geht es um den Gehorsam und die Sensibilität gegenüber dem Heiligen Geist, wobei in der gegenseitigen Begegnung unter Geschwistern die Einheit aus dem Geist entsteht, nämlich die Braut Christi ohne „Flecken und Runzeln“ (Eph.5,27), die nicht von Amtsträgern  verwaltet, sondern von Gott berufenen Aposteln, Propheten, Evangelisten, Hirten und Lehrern über die Konfessionen hinweg auf erbaut und zugerüstet wird. Dabei soll die Einheit in lehrmäßigen Fragen durch die Liebe zur Wahrheit und gegenseitigem Respekt entstehen, nicht aber durch apologetische Rechthaberei. 

Die eine Gemeinde Jesu verwirklicht sich im Gehorsam gegenüber dem Heiligen Geist und dem Wort Gottes im Sinne einer Entwicklung, die von Christus ausgeht. Dieser Vorgang beinhaltet nichts weniger als die Wiederherstellung der durch die Jahrtausende durch Ungehorsam verunstaltete Kirche hin zu ihrer endzeitlichen Reife und Berufung.

Es ist die von Gott selbst geschenkte  Einheit als Ausdruck des Auferstehungslebens Jesu Christi in seinem Leib. Somit vertritt Schwenkfeld eine zutiefst biblische bis heute aktuelle und brisante Sicht  des Reiches Gottes.